ام ببنائها الإمبراطور قسطندين عام 326 ميلادي فوق الكهف الذي ولد فيه السيد المسيح. تعد كنيسة المهد من أقدم الكنائس في العالم، وقد كتب مار جيروم الإنجيل اللاتيني من هذه المنطقة بعد فترة وجيزة.

معالم الكنيسة الجوهرية لم تتغير منذ أن قام الإمبراطور جستينيان بإعادة بنائها وذلك بعد أن هدمت جراء التمرد السامري عام 529 ميلادي.

الفرس الذي قاموا بهدم عدد لا يحصى من الكنائس عند اجتياح فلسطين عام 614، قاموا بحماية الكنيسة بعد أن شاهدوا أقاربهم في لوحة المجوس. عند الفتح العربي، أكد عمر بن الخطاب حق المسيحيين على مواصلة الصلاة هناك، وأعطى الحق للمسلمين للصلاة هناك أيضاً، كأفراد.

بعد وصول الصليبيين عام 1099-1187، تم بناء دير إلى الجهة الشمالية من الكنيسة والتي أصبحت بعد ذلك مركزاً لتتويج الملوك الصليبيين من القدس. عام 1842 تم إعادة تصليح الكنيسة بعد الدمار الذي تسببت به الهزة الأرضية عام 1834. تم الكشف عن أرضية من فسيفساء قديمة عام 1933.

ومع مرور الوقت وسعت كنيسة المهد بإضافة عدة كنائس وأديرة تنتمي إلى مختلف الكنائس المسيحية. الطائفة الكاثوليك، الروم الأرثوذكس، والأرمن هم الذين يديرون كنيسة المهد. تشمل كنيسة المهد اليوم على كهف الميلاد، وكهوف والمناطق المجاورة لها، ودير الروم الأرثوذكس؛ دير الأرمن، ودير مار جيروم، وكنيسة سانت كاترين.